2.แผนที่เดินเรือมายังกรุงศรีอยุธยา นำเสนอเส้นทางเดินเรือสันนิษฐานจากทางวีกโลกตะวันออก และซีกโลกตะวันตก รวมทั้งทางใต้แถบมลายูที่มีหลักฐานการติดต่อกันในสมัยอยุธยา

3.นำเสนอให้เห็นถึงความรุ่งเรืองของพระนครศรีอยุธยา จากอดีตสู่ปัจจุบันผ่านแผนที่และภาพถ่ายทางอากาศ
- แผนที่ Iudea แผนที่นี้วาดขึ้นในช่วงที่สถานที่สำคัญต่างๆ ยังอยู่ครบสมบูรณ์ เป็นแผนที่ที่แสดงทัศนียภาพของกรุงศรีอยุธยาที่งดงามที่สุด
- แผนที่จากหนังสือของ เดอ ลาลูแบร์ ให้ภาพกรุงศรีอยุธยาและชุมชนต่างๆ ในสมัยพระนารายณ์ ซึ่งคลาคล่ำไปด้วยชนชาติที่หลากหลาย
- ภาพถ่ายทางอากาศเกาะเมืองพระนครศรีอยุธยาในปัจจุบัน (พ.ศ. 2549)

4.จัดแสดง - จำลองใต้ท้องเรือขนสินค้านำเข้าและส่งออกในสมัยอยุธยา เช่น ไม้กฤษณา หนังกวาง หนังปลาฉลาม หนังวัวหนังกระเบน และดินปืน เป็นต้น

5.ชุมชนชาวต่างชาติในกรุงศรีอยุธยา ให้ความรู้เกี่ยวกับการดำเนินชีวิตการเข้ามาในอยุธยา ศาสนา และเกร็ดอื่นๆ ที่เกี่ยวเนื่องด้วยชนชาตินั้นๆ ได้แก่ ลาว มอญ เขมร/ขอม เวียดนาม พม่า แขก จีน ญี่ปุ่น คนชายขอบ รวมทั้งชนชาติทางตะวันตก ทั้งฝรั่งเศส อังกฤษ โปรตุเกส และฮอลันดา นี่เป็นภาพสะท้อนของการต้อนรับความหลากหลายทางเชื้อชาติโดยไม่มีการกีดกันของผู้ปกครองอยุธยา

6.ชุมชนชาวญี่ปุ่นในพระนครศรีอยุธยา นำเสนอเรื่องราวเกี่ยวกับการเข้ามาของคนญี่ปุ่นในอยุธยา ชุมชนญี่ปุ่น วิถีชีวิต ความเป็นอยู่ อาชีพ ศาสนา รวมทั้งการลดจำนวนของชาวญี่ปุ่น ซึ่งสืบเนื่องจากการปิดประเทศญี่ปุ่น ในรูปแบบของ annimation

7.ลำดับเหตุการณ์ความสัมพันธ์ไทย - ญี่ปุ่น แสดงด้วยตารางลำดับเหตุการณ์เปรียบเทียบเหตุการณ์โลก ความสัมพันธ์ไทย - ญี่ปุ่น ตั้งแต่ พ.ศ.1893 คราวตั้งอาณาจักรอยุธยาถึงปัจจุบัน

8.ห้อง e-book ให้้บริการฐานข้อมูลทางคอมพิวเตอร์ รายชื่อเอกสาร สิ่งพิมพ์ที่เกี่ยวเนื่องด้วยอยุธยา และหนังสือส่วนหนึ่งที่เกี่ยวกับพระนครศรีอยุธยา

9.เรือโบราณจำลอง จัดแสดงแบบจำลองเรือโบราณที่มีหลักฐานว่าเข้ามาติดต่อกับพระนครศรีอยุธยา ได้แก่ เรือสำเภาจีน เรือสำเภาญี่ปุ่น เรือกำปั่นฮอลันดา เรือกำปั่นโปรตุเกส เรือกำปั่นมากัสซา รวมทั้งเรือสำเภาไทย

     สวนและศาลาญี่ปุ่น เป็นหนึ่งในโครงการพิเศษของสมาคมไทย - ญี่ปุ่น ที่จัดทำขึ้นเพื่อเฉลิมฉลองในวโรกาสที่พระบาทสมเด็จพระเจ้าอยู่หัวเฉลิมพระชนมพรรษาครบ 80 พรรษา และเป็นที่ระลึกในวาระครบ 120 ปี ความสัมพันธ์ไทย - ญี่ปุ่น ในปี พ.ศ. 2550 โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อปรับปรุงภูมิทัศน์ของหมู่บ้านญี่ปุ่น ให้สวยงามร่มรื่น เป็นที่ผ่อนคลายสำหรับนักท่องเที่ยวที่มาเยี่มชม

      สวนญี่ปุ่นแห่งนี้ออกแบบโดยนักออกแบบสวนชาวญี่ปุ่นชื่อ นายฮิโรฮิสะ นาคาจิมา บริษัท โซโก้ เทเอ็น เคนคิวจิทสึ ประเทศญี่ปุ่น ผู้มีชื่อเสียงและมีผลงานระดับนานาชาติ รูปแบบสวนเน้นความเป็นสวนญี่ปุ่นแท้ที่ดูสง่างาม สงบ เยือกเย็น มีองค์ประกอบที่สำคัญได้แก่ ศาลาญี่ปุ่น สำหรับนั่งชมทัศนียภาพแม่น้ำเจ้าพระยา สวนญี่ปุ่นแห่งนี้สะท้อนให้เห็นทัศนียภาพของแม่น้ำและทะเลของประเทศญี่ปุ่น ช่วยให้ผู้มาเยี่ยมได้รู้จักวัฒนธรรมญี่ปุ่น ทั้งยังแสดงถึงความปรารถนาให้โลกมีสันติสุข